中國發布新型冠狀病毒資源庫 80%與沙士相似疑來源自蝙蝠

撰文: 彭琤琳
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国家基因组科学数据中心周三(22日)发布了“2019新型冠状病毒资源库”。
据介绍,该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时也对不同冠状病毒株的基因组序列做了变异分析与展示。

冠狀病毒基因組序列發布動態。(2019新型冠狀病毒資源庫網站)

據中國科學院微信公號「中科院之聲」介紹,2019新型冠狀病毒資源庫收錄了來源於NCBI的GenBank數據庫和GISAID數據庫發布的2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、採樣日期、採樣地點、樣本提供單位、數據遞交單位等元信息。

通過該資源庫還可訪問到國家基因組科學數據中心基因組數據庫GWH從公共數據庫收錄的冠狀病毒科基因組和蛋白序列,用戶可基於Accession號、種名、屬名、採樣日期、採樣地點、宿主、分離源、發布日期等元信息篩選感興趣的冠狀病毒株,個性化選取序列進行下載以開展相關的科學研究。

據悉,2019新型冠狀病毒資源庫將持續更新元信息與基因組序列數據,實時監控NCBI的PubMed數據庫中發表的2019新型冠狀病毒和其他冠狀病毒的學術文獻、中新網與新華網發布的新聞,同步更新世界衛生組織與中國疾病預防控制中心發布的科普介紹。

冠狀病毒變異數據統計。(2019新型冠狀病毒資源庫網站)

2019新型冠狀病毒資源庫基於不同參考基因組序列開展2019-nCoV病毒株基因組變異分析,並對結果進行了統計與可視化展示。通過對全基因組序列相似性比較和變異位點分析,獲取2019-nCoV病毒株之間、2019-nCoV病毒株與SARS冠狀病毒以及與類SARS冠狀病毒蝙蝠株之間的變異程度、變異區域、變異堿基的詳細信息。

經數據分析,2019-nCoV與2003年爆發的SARS病毒基因組序列相似度為80%,與2017年2月從國內的蝙蝠中採集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因組序列相似性最高,相似度為88%。

介紹稱,對2019-nCoV病毒株的基因組變異分析可為追溯病毒來源、追蹤病毒株變異路徑、防控新型冠狀病毒引發的疫情、治療病毒性肺炎提供重要的數據基礎與決策支持。

(中科院之聲)