抗疫两年|首发现不明个案属空姐群 萧杰恒坚守信念:望㩒住疫情
新冠病毒“基因排序分析”已成为了解第五波疫情不可缺少的资讯,可作为追踪个案感染源头,以及了解个案是否涉及同一群组,惟背后默默为疫情耕耘的团队,却未必为人熟悉,繁复测试的背后,“基因排序分析”到底作为何物,亦不多人认识。理工大学医疗科技及资讯学系副教授萧杰恒带领的团队就是其中之一,自首波疫情以来,理大开始以基因排序分析个案,了解每个个案背后的感染源头。
自第五波疫情爆发以来,萧杰恒的团队几乎分析每宗个案。其中更加率先以基因排序发现不明源头个案与空姐群组有关连,揭发个案因曾与确诊者同一时段到过陆田园餐厅小厨而染疫,助当局一步步追踪陆田园的确诊个案。萧直言,“呢个就系快慢分别,如果日出前有结果,当日成个调查方向唔同”。
【抗疫两周年系列报道之二】
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萧杰恒是医务化验师出身,他笑言,一开始读化验,只是由于会考成绩不佳,而化验科目的入学要求并不高,于是随机拣选就读该科,后来一边读一边对医务化验有了重新的认识。不过,毕业那一年正值2003年沙士之后,当时公共医疗卫生体系仍未改革,化验师并不是受欢迎的工作,“做私家化验所都系得七千蚊人工”。他于是决定再进修,其后再加入化验所工作。多年来的研究生涯,令他开始热爱研发新检测方法,期望可以加快病人诊断过程,亦坚信“所有嘢快,先至可以帮到病人”。
疫情来袭自觉成“冷气军师” 思考以基因排序出一分力
加入理大后,萧杰恒的团队在过去一直有进行不同的传染病基因分析,例如肺结核及爱滋病,一直重点在于抗药性的基因研究。至两年前的1月,本港首度出现新冠疫情,“当时听到好多医院同事、学生,喺前线好辛苦好紧张,成个社会气氛好差,我好似一个冷气军师坐喺度,感觉上唔系咁好”。于是,他开始思考作为医务化验师,如何可以为疫情出一分力,研究到底基因分析技术,是否可以应用于新型冠状病毒基因研究。
自两年前分析个案基因 引证排序可确定个案是否关连
不过由于本港新冠疫情初期,主要以输入个案居多,基因排序的分析工作一直由卫生防护中心公共卫生化验所进行,故团队一直未有机会做样本分析。直至2020年2月,部分基因排序样本分流到公立医院,萧指,由于理大不时会与医院实验室合作,故他当时决定把握契机,在医院邀请下利用核酸样本进行研究。
万事始终起头难,“当时大多数研究基金都用做其他传染病,于是写咗三页简短计划书比部门主管。”没料到,三页的计划书,竟为他为带来100万的资金,亦为日后新冠疫情的基因排序分析之路定下基础。
他笑言,当时实验室的资源不足,要事事亲力亲为。回想起收到资助当日,即日与同事到黄金商场买电脑配件“砌机”。几经波折终于在翌日取得个案核酸样本,测试以不同的方式作分析,“最初有数据时都战战兢兢,唔知𠮶技术系咪啱,但又想快啲有结果”。直到多番尝试及比对各个群组,方发现透过分析基因排序的相似度,可以确定个案间是否有关连,亦可追踪病毒传播途径。
不过,由于卫生防护中心并无与理工大学直接合作,取得确诊者的样本并不容易。萧形容,相关工作很考验团队主动性,“唔会有人定定期比样本我哋,都系自己去拎、去问”。
访问期间正值政府疫情记者会,萧亦都不时留意电话,查看疫情最新发展。他透露,疫情初期团队需要每日留意疫情记者会,再抄低个案详情,估算个案入住的医院“去问(拎样本),慢慢咁去做”,每日4时半看疫情记招渐成为他的习惯。
试过黑雨到医院攞样本 只盼尽快助追踪个案源头
萧杰恒指,首份分析报告出炉后,开始建立公立医院对理大团队研究的信心,医院亦更愿意将个案样本交予理大作基因排序分析。虽然直至第五波疫情,卫生署仍未有担当协调的角色,但他表示现时的沟通机制比头几波疫情更好,“头三波疫情,就算有分析结果,都唔知可以向边通报”。而现时较紧急的个案,卫生防护中心亦会主动联络理大,提供病人入院编号,再由理大团队派人到医院提取病人样本。
第五波疫情以来,每日都新增初步阳性个案,即意味团队每日都需要派人到公立医院提取核酸样本,萧亦指,团队曾经试过在黑雨及凌晨时赶到医院拿样本。无惧风雨、不分昼夜,全因团队希望可以尽快完成基因排序,帮助追踪个案源头,“努力真系可以帮到手,信念系希望可以㩒住疫情”。
一晚分析发现不明个案曾访绿田园 与空姐属同一群组
他在访问时解释,确诊者的核酸样本,经化验后可以系统作分析,每一个案基因排序分析需要花近八小时。系统会以树状分支显示个案之间的关连,若属同一群组排序会显示于同一分支上,但若排序出现数个突变分别,或不在同一分支上,即意味个案不相关。
萧杰恒以早前确诊、居屯门的42岁测量师为例,指当时该名患者最先列为源头不明个案,其后发现他与望月楼群组的国泰机师居一河之隔,当局一直以为个案与屯门隐形传播链有关。直至团队当晚通宵进行基因排序分析,方发现个案排序与空姐群组有关连,再发现他曾到访绿田园餐厅小厨,助当局一步步追踪陆田园的确诊个案,“呢个就系快慢分别,如果日出前有结果,当日成个调查方向唔同”。
▼1.5卫生署到DIVA陆田园餐厅小厨调查▼
虽然曾经分析一波又一波的疫情,萧杰恒指,以往只会在感染群组中抽样做分析,但第五波疫情最大分别是,团队会将每个个案做分析,当中包括输入个案,从以更容易比对有何个案将病毒带入社区,引发传播链。他直言,现阶段的工作是两年疫情以来最难忘,“未试过做咁多个案,未试过未停过咁做个案,以为做完一个可以停,又再收到电话再做另一个”,团队每日通宵达旦,做到凌晨,即使过程辛苦,但亦令他得到无比的满足感。
育有三个小朋友的萧杰恒坦言,两年以来为疫情牺牲不少个人时间,每日生活围绕工作、基因排序分析及“凑仔”。他指,因为疫情基本上失去所有私人时间,“自己娱乐、见朋友,做自己嘢都做唔到”。不过强调自己并非单独例子,不少前线医护人员亦每日劳碌。被问到对未来的展望,他的愿望就与普罗大众一样,不希望再出现下一波疫情:“(疫情)开始时觉得系机会去令团队有人识,但每次出结果都希望快啲做到分析,㩒低件事,好唔想再有下一波疫情。”最期望小朋友可以回复正常生活,“小朋友一出世、出街就要戴口罩、好小心,想回复正常嘅世界,话比佢哋听正常世界唔系咁。”